De gemeente San Javier is ontstaan in 1836 en telt inmiddels meer dan 32.000 inwoners. De gemeente ontleent zijn naam aan de kapel, gewijd aan de missionaris St Francisco Javier. Deze kapel werd aan het einde van de zeventiende eeuw gebouwd. Jaarlijks wordt er een internationaal Jazz festival georganiseerd waar sinds 1998 grote jazz artiesten vanuit de hele wereld acte de présence geven in de zomermaanden.
San Javier is tevens de thuisbasis van de militaire academie van de Spaanse luchtmacht, deze diende in het verleden om de haven van Cartagena te beschermen. De academie huisvest tevens de Patrulla Águila, het nationaal acrobatisch showteam van de Spaanse luchtmacht.